Όπως προκύπτει από την επεξεργασία στοιχείων μελέτης της Περιφέρειας Θεσσαλίας, η Θεσσαλία είναι μια περιοχή αυξημένης περιβαλλοντικής σημασίας.
Στα όρια της περιφέρειας έχουν αναγνωριστεί 17 περιοχές μεγάλης οικολογικής αξίας σε εθνικό και κοινοτικό επίπεδο, οι οποίες έχουν ενταχθεί στον Εθνικό κατάλογο Natura. 2000. Σύμφωνα όμως με το ΣΠΑ Θεσσαλίας και στοιχεία που αναφέρονται στο συμπλήρωμα προγραμματισμού του ΠΕΠ Θεσσαλίας, τα προβλήματα που
σχετίζονται με την προστασία των εν λόγω περιοχών αφορούν:
α) στην έλλειψη βασικών μελετών για την εκτίμηση του καθεστώτος διατήρησης των
οικοτόπων και των ειδών και τον προσδιορισμό των απαιτούμενων παρεμβάσεων για
την προστασία τους στην έλλειψη υποδομών παρακολούθησης, ενημέρωσης, έρευνας
β) στην έλλειψη ολοκληρωμένου σχεδιασμού για την επίτευξη της διαχείρισης τους
γ) στις ελλιπείς ενέργειες ενημέρωσης – ευαισθητοποίησης των τοπικών κοινωνιών.
Σύμφωνα πάντα με την ίδια μελέτη, εκτός των περιοχών Natura η περιφέρεια έχει ένα σημαντικό αριθμό ευαίσθητων οικοσυστημάτων όπως είναι οι υγρότοποι. Η
«Απογραφή των Ελληνικών υγροτόπων ως φυσικών πόρων» εντοπίζει 18 υγροτόπους
στα πλαίσια της περιφέρειας. Οι παράγοντες ωστόσο που απειλούν τους υγροτόπους
δεν είναι και λίγοι εντοπίζονται στους εξής:
α) μεταβολή του υδρολογικού καθεστώτος
β) εξάντληση των υγροτοπικών πόρων
γ) μεταβολή της ποιότητας του νερού και
δ) απώλεια υγροτοπικής έκτασης.
Οι δύο τελευταίες απειλές, συμπεραίνει η μελέτη για τη λειτουργία των υγροτόπων αφορούν και στην τουριστική ανάπτυξη, για να εξηγήσει:
«Η μεταβολή της ποιότητας του νερού οφείλεται και στην ρύπανση οικιστικής προέλευσης η οποία εντείνεται με την αύξηση της τουριστικής κίνησης. Θα πρέπει επίσης να σημειωθεί ότι, η επέκταση των δραστηριοτήτων τουρισμού και αναψυχής, η δημιουργία έργων υποδομής ιδιαίτερα στον τομέα των μεταφορών και η οικιστική επέκταση ανήκουν στις κύριες αιτίες απώλειας υγροτοπικής έκτασης».
